意外怀孕
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体内射精最主要的不安全性来自于意外怀孕以及接续所造成的的堕胎问题，不过使用性交中断法避免体内射精也还是有相当高的意外怀孕风险。安全期计算也是一种科学的避孕方法，在女性月经周期保持规律、稳定的前提下于安全期发生体内射精并不会怀孕。但由于女性的月经周期会随生活外在环境与内在心理因素影响而变动，因此实际生活中，以安全期计算来避免怀孕仍有相当高的意外怀孕风险。避免体内射精造成怀孕的较佳方法为服用事前或事后避孕药，但可能会造成女性性激素、月经周期失调或是不孕，大部分说法认为事前避孕药的副作用与负面影响较事后避孕药相对要少。
性病传染
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体内射精被认为是一种缺乏保护、不安全的性行为，并会增加感染性传播疾病的风险，尤其经由肛门性交的性病风险更显著增加，例如2004年被公开的个案，新进色情女演员Lara Roxx是被查出在与男演员Darren James在被拍摄肛交时多重感染，包括人类免疫缺陷病毒[3]。而该位男演员则被查出在一次前往巴西旅程中与另一女人在缺乏保护下肛交时感染该病毒，虽然回程之后检验结果呈阴性反应，但直到确定染病而停演色情片时，曾与他工作的十三位女演员已有三位被他传染[3]。
2012年，美国加州公投通过“成人电影业较安全性行为法案”B号提案（简称AB-332法案）拟禁止内射，但洛杉矶政府2013年5月24日选择将此提案暂时搁置。前色情演员洁西（Jessie Rogers）自拍一段名为“我有性病”的短片呼吁政府与民众重视安全性行为，并接受媒体采访，揭露“成人影片界（几乎人人都有疱疹等性病）真相”，工作环境有如性病大染缸[4]。
不过其实多数的性传染病在无套性交的状况下即会传染，体内射精由于相对更长的性器官接触时间、更多的体液交换量而较体外排精有更高的性病感染机率，但体内射精并不是性病是否传染的决定因子。