平安前期
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寶龜元年（770年），稱德天皇駕崩、天智天皇系的光仁天皇(770-781年)以60歲高龄即位。光仁天皇娶聖武天皇之女井上内親王，因此在聖武天皇一系絕嗣後，繼承為天皇。之後井上內親王因使用巫蠱咒魘他人而遭廢黜，隨後兒子他戶親王也被廢去太子名位，[2]光仁天皇駕崩後桓武天皇(781-806年)即位，此後天皇遂由天智系的皇族擔任，排除了天武系的皇族。桓武天皇在位期間透過二次遷都(784年長岡京、794年平安京)，建立天智系天皇的統治正當性，遠離奈良佛教的影響，為了提升皇權，遠征東北（蝦夷征討）、設置勘解由使整肅地方政治，桓武天皇擁有歴代天皇之中少見的強大權勢，並有新王朝創始者的強烈意識、親自主導諸多改革。桓武天皇企圖透過修改延續律令制，其措施包括取消徵兵義務與各地軍團和減輕繇役負擔，並勵行班田，然而取消各地軍團，也使地方治安因此恶化。
自桓武天皇與其子平城天皇、嵯峨天皇在位時期，為重建延續律令制度做出了積極的努力，並因應律令制不足、施行困難開始設置令外官，其中包括坂上田村麻呂因征討蝦夷成為首任征夷大將軍。[3]桓武天皇駕崩後，平城天皇（806-809）即位，平城天皇進行積極的改革。但因體弱多病因此讓位給嵯峨天皇（809-823），但平城天皇仍然掌握實權，並因此與嵯峨天皇對立、最終導致812年的藥子之變，最終嵯峨天皇勝利，事變中嵯峨設置秘書性質的藏人頭（日语：藏人頭），由藤原冬嗣與巨勢野足（日语：巨勢野足）擔任，[4]由於親近天皇，因此逐漸取代太政官的地位。814年以後嵯峨天皇皇子被臣籍降下，以減輕皇室負擔，成為日後源氏，桓武天皇的子孫則成為平氏。
嵯峨天皇統治初期政局由右大臣藤原園人（日语：藤原園人）主導，基於律令制度背後的儒家思想，採取救濟貧民，抑制有力貴族與寺社(權門)的政策。但在園人之後掌權的藤原冬嗣改變此一政策，藉以鼓勵田地開墾。律令制根基為對個人的掌握與課税，但冬嗣重視對土地課税以順應律令制崩壞的趨勢。冬嗣以嵯峨天皇藏人頭身分活躍、使該職務的權勢抬頭。此外，嵯峨天皇時期，編纂並施行作為律令的追加與實施細則的格式--弘仁格式，為三代格式之首。
冬嗣之子藤原良房繼承冬嗣奨励開墾的路線，當時、課税的對象逃亡現象顯著，租税收入面臨迫切的危機。冬嗣與良房促進墾田開發，轉變課税方式以因應此狀況。良房亦推進藤原氏對政治權力的掌握。在842年發生承和之變，仁明天皇(833-850年)及其妻舅藤原良房合謀，廢除皇太子恒貞親王（日语：恒貞親王），改立仁明天皇長子道康親王，藤原良房亦藉此排除橘逸勢為首的橘氏勢力。866年發生的應天門之變，被視為藤原氏排擠名門望族大伴氏的行為，使藤原良房成功獨攬大權。良房執政期政治安定、獎勵開墾，並完成貞觀格式的編纂，被日本史稱為貞觀之治 (日本)（日语：貞観の治 (日本)）。而良房的養子藤原基經延續良房的路線。基經執政時期設置元慶官田，成為地方上繳調・庸之外的重要行政經費來源。884年，基經以陽成天皇(876-884年)暴虐為由，廢陽成天皇，改立光孝天皇(884-887年)。
887年宇多天皇(887-897年)繼位，剛即位的宇多天皇下詔：「萬機巨細，皆關白太政大臣，而後奏下。」這詔書是「關白」一辭正式的出現，被視為關白的正式任命。同年又下詔：「社稷之臣，非朕之臣。宜以阿衡之任，為卿之任。」 ，這一詔書卻因為「阿衡」的職權不明而引發很大的政治事件，被稱為「阿衡事件」。此一詔書是時任參議的橘廣相所擬。基經拒不上朝，百官忌憚基經的權勢，亦多稱病不朝，使得政務停擺。最後以天皇下詔解釋政務仍關白基經、而罷免橘廣相作終。[5] 事件的背後，有可能是因為天皇想藉此減少基經的實權而策劃。另外由於宇多天皇的女御是橘廣相女橘義子，並生有子女數名，因而威脅到基經的地位，最後阿衡事件成為基經剷除政敵之藉口 。
891年基經去世，其子藤原時平資歷尚淺，宇多天皇因而得以主導政治。宇多天皇重行抑制權門，保護小農的政策。宇多天皇重用藤原時平與菅原道真造就了寛平之治。但時平與道真對立漸增，導致901年的昌泰之變（日语：昌泰の變），菅原道真被流放，藤原時平掌握政權。掌握實權的時平延續宇多天皇，抑制權門、保護小農的路線，企圖延續律令制。902年頒布班田勵行令，為延續律令制最為顯著之舉，但也是日本史上最後一次實施班田。此外為使律令制延續，作為律令補充的延喜格式也在此時期進行編纂，該時期被視為理想的政治狀態，被稱為延喜之治（日语：延喜の治）。
平安中期
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時平死後其弟藤原忠平接掌權力，忠平否定律令制，再次轉向土地課税路線。忠平執政時期，為實施土地課税的路線，將土地經營與納税之權責賦予地方豪族、国司，使之成為「負名（日语：負名）」，稱為負名體制，成為律令國家體制開始向新的國家體制，即王朝國家（日语：王朝國家）體制轉變的時期。忠平執政時期通常被認為是攝關政治的確立期，雖然忠平於949年死後，村上天皇(946-967年)未任命忠平的繼承者藤原實賴為攝關，但實賴仍以左大臣的身分，與其弟藤原師輔掌握朝政，開創天暦之治（日语：天暦の治）。
另外，自桓武天皇將各令制國軍團廢除，改為志願制的健兒取代之後結果，地方治安因此惡化陷入無政府状態。9世紀開始，以關東地方為中心的強奪運京途中税糧的強盗行為横行。豪族階層為求自衛進行武装，促成武士的出現。豪族與東國中下級貴族層取代過去的軍團制軍事組織，集結成武士團。朝廷別無選擇，只能利用武士團維護地方安全。之後，在9世紀末至10世紀初的寬平、延喜時期，武士的早期雛形出現。武士也作為豪族對農村的管理者，使武士權力深入農村，並充當豪族和豪族之間的調解人，但武士之間的衝突也常引發動亂，藤原忠平執政的940年前後便發生承平天慶之亂。
967年村上天皇駕崩，冷泉天皇(967-969年)繼位，冷泉天皇任命太政大臣為藤原實賴為關白，此後攝關設置成為常態，持續到明治维新。冷泉天皇另外任命源高明為左大臣， 由於冷泉天皇沒有皇子又一直在生病的狀態，立東宮成為當務之急。候補人選為村上天皇與皇后安子所生的皇子。較年長的為平親王被立為東宮是眾所期待的事，但成為東宮的卻是守平親王。其原因是為平親王娶源高明之女，藤原氏害怕源高明的權力擴張故在背後操控。源高明雖然娶了村上天皇皇后藤原安子的妹妹為妻，取得了與時任右大臣的藤原師輔的姻戚關係，但在此時，村上天皇與藤原師輔已死，高明在宮中形同孤立。969年（安和2年）3月25日，左馬助源滿仲與前武蔵介藤原善時密告中務少輔橘繁延與左兵衛大尉源連謀反，冷泉天皇之妻舅藤原伊尹主導將密告牽扯到源高明，最後以左大臣源高明密謀謀反處以流放結論，是為安和之變。事後守平親王繼位為圓融天皇(969-984年)，圓融天皇女御為藤原伊尹姪女、兼家之女藤原詮子。
10世紀中葉開始，官職與相關的權限義務，被請託、賦予給特定的家族，使之世襲掌握的官司請負制（日语：官司請負制）在中央與地方顯著發展，在該體制中，負責某個職務的貴族家族，對家族子弟從幼年開始，針對家族職務進行專業的教育，上面提到的武士的出現，也可以看成是政府將軍事警察權下放給武士世家。此外由於朝廷的財政，依賴來自地方上繳的租稅求，為此，朝廷委與國司極大的行政權，並規定進納一定以上的租稅額為義務的地方政治形態，此時國司由地方有力者擔任，稱為「受領（日语：受領）」，受領具有極大的權限，出現受領在地方恣意妄為的情況，導致10世紀後期到11世紀中期頻繁的國司苛政上訴（日语：國司苛政上訴）。面對國司的壓榨，權門透過權勢獲取「不輸不入」之權利，負名(應繳納租稅者)則將土地寄於權門名下，躲避國司控制，如此一來權門控制的莊園，不再受國司控制，不向政府納稅，並且逐漸擴大，並形成層層堆疊的土地所有權結構，稱為寄進式莊園（日语：寄進地系荘園）。
莊園擴大使政府收入短缺，10世紀的花山天皇(984- 986年)任用母舅藤原義懷，發布莊園整理令（日语：荘園整理令），以抑制權門勢力的發展。另一方面藤原北家發生繼承之爭，由於實賴並非天皇直接姻親，作為天皇母舅的姪子藤原伊尹繼任攝政。伊尹死後，同母弟藤原兼通、藤原兼家爭為攝政，而兼家又更有力些。但兼通以上皇后安子的口諭，宣布攝關之位當按兄弟順序繼承為理由，成為關白，977年春，兼通患病，上表請辭，而天皇不許。未免兼家在他死後任攝關，兼通讓向來和他交好的堂兄藤原賴忠為左大臣，但花山天皇不信任，而扶植其妻舅藤原義懷(伊尹之子、兼通與兼家姪子、賴忠堂姪)，義懷抑制權門勢力，引來兼家反對。此時花山天皇戲劇性地對藤原為光（日语：藤原為光）的女兒藤原忯子動情，而希望把忯子立為女御。藤原義懷的正室是忯子的姐姐，然而忯子不幸在懷孕期間於985年逝世，受此打擊的花山天皇表示希望出家。藤原義懷看出天皇想要出家只是一時的衝動，關白藤原賴忠也一起勸說天皇改變主意，但花山仍在986年退位，藤原兼家命令兒子藤原道隆和藤原道綱等人將三神器移至皇太子的居所後，封鎖了皇居諸門，皇太子由此即位為一條天皇(986-1011年)，兼家以天皇外祖父身分擔任攝關，此一連串事件稱為寛和之變（日语：寛和の變）。
兼家掌權後，恢復優待權門的政策，但受領與負名之間的爭執，依舊未能解決。兼家死後其子之間又再次發生繼承衝突，起初兼家將長子道隆的女兒藤原定子嫁予一條天皇，道隆因此繼任攝關，道隆原本屬意其子藤原伊周繼承，但其弟藤原道長亦覬覦攝關之位，而且伊周不得其姑姑，圓融上皇后(東三條太后)藤原詮子喜愛，995年道隆去世，由其弟藤原道兼接任關白，然而道兼隨即去世，此時東三條太后逼迫一條天皇立道長為關白，一條天皇最終懸置攝關之位，但讓道長任藤氏長者，並於不久之後拜右大臣。與此同時，伊周看上藤原為光守寡的三女，源雅信之妻，但已出家的花山法皇也看上該女，伊周之弟藤原隆家因此暗中至法皇所在處，放矢恐嚇之，此事驚動平安京，一條天皇原本羞於花山法皇之行為不欲追究，伊周卻又遭控詛咒東三條太后，最終一條天皇不得不將妻舅伊周貶出平安京，道長因此獨攬大權，[6]並將女兒藤原彰子嫁予一條天皇，此次政爭被稱為長德之變（日语：長德の變）。
1016年後一條天皇(1016-1036年)繼位，藤原道長擔任攝政，道長也因為將女兒彰子、妍子、威子，嫁予一條、後三條、後一條天皇，同時成為太皇太后、太后、皇后，被時人稱為「一家立三后」。藤原道長時期為藤原氏攝關政治的全盛期，由道長的日記「御堂關白記」、道長近側的藤原行成之日記「權記（日语：權記）」、善於對日本歷史、文學、官職、朝廷禮儀、裝束傳統進行考證(有職故實}的藤原實資的日記「小右記（日语：小右記）」、女官書寫的「榮花物語」等資料呈現道長統治全盛時期，政治運作的方式。攝關政治的決策中心為稱為陣定（日语：陣定）的合議會議，到了 11 世紀上半葉，攝關政治解決各種問題的努力開始見效。在此期間，引入公田官物率法（日语：公田官物率法），統一確定各令制國內稅率、正式承認了大面積私領地存在，並實施一國平均役（日语：一國平均役），即不論莊園、公領（日语：國衙領）(政府可控制的田地)一律的徵稅，[7]以作為特定大規模事業的財源，並演變成為中世的段錢（日语：段錢），據此，王朝國家制度開始轉向了中世國家的形式。
平安後期
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11世紀後期，負名將土地寄於權門名下，躲避國司控制的寄進式莊園（日语：寄進地系荘園）已相當普遍，公領内部也形成郡・郷・保・條等基層組織，由負名擔任郡司、鄉司等。至此莊園或公領成為特定的開發領主（日语：開發領主）之私有地，領主掌握支配權，其上為握有收税權之朝廷、國司或權門，稱為領家（日语：領家），其下則為莊園的現地管理者莊官，許多失去中央官職的低級武士貴族（軍事貴族），在農村以武力為莊園領主或莊官解決糾紛，領主或莊官便與武士建立主從關係，也有領主或莊官成為武士。由於土地的權利分屬複數、多層的人(階層)。各主體握有的權˙利稱為「職」，「職」形成重層的體系，被稱為職的體系（日语：職の體系）。以該體系為基礎，11世紀後期至12世紀間形成莊園公領制（日语：莊園公領制）。平安時代後期的政治、經濟史與莊園公領制的形成有著極深的關係。
11世紀中期攝關政治已無力應對社會的變動，陷入機能不全的問題。1017年道長長子藤原賴通繼任攝政，1021年，道長最小的女兒嬉子成為皇太子敦良親王的東宮妃，但嬉子於1025年生下親仁親王後去世，道長也在1028年去世。1036年敦良親王即位為後朱雀天皇(1036-1045年)，後朱雀天皇立禎子內親王為皇后，禎子內親王屬於皇族，與賴通僅為甥舅關係，賴通與弟弟藤原教通，雖然將女兒嫁予天皇，但沒有生下其他兒子。1045年後嬉子之子親仁親王繼位為後冷泉天皇(1045-1068年)，賴通與教通之女兒依舊沒有生下皇子。因此後冷泉死後，1068年其弟後三條天皇(1068-1073年)繼位，後三條天皇生母為禎子內親王，並立皇族後一條天皇第二皇女馨子內親王為皇后，於是出現與藤原氏沒有血緣與姻親關係的天皇(母、妻的父系)。後朱雀天皇臨終前，曾囑咐當時的關白藤原賴通輔助即將成為下任東宮的後三條天皇，但賴通不從，還道「縱雖正統，自非藤原氏出，則不可得。」此傲慢之舉與日後種種攝關家恃權而驕的行為，讓後三條天皇決心削弱外戚勢力。後三條天皇繼位後，賴通託病不參與政事，實權重回天皇手中。
後三條天皇親政後，頒布延久莊園整理令，透過莊園整理確分各地莊園與公領，建立莊園公領制，並藉由整理莊園削弱藤原氏的經濟基礎，結束攝關政治。1073年後三條天皇退位予白河天皇(1073-1087年，1087-1129年行院政)，成立院廳（日语：院廳），1086年白河天皇讓位堀河天皇(1087-1107年)，施行院政，開始上皇作為事實上的君主統治的院政，院政時期被視為日本中世的開始。在院政時期，退位的上皇以皇室族長(治天之君)的身分，透過院廳組織統治國家，其經濟來源為上皇的莊園與知行國（日语：知行國）。白河上皇拔擢中下層貴族為院廳近臣，以院宣指揮朝廷與地方國司，設置院獨自的軍事力量--北面武士，河内源氏與伊勢平氏成為北面武士中的要角，被稱為武家棟梁，成為院廳的軍事基礎。
到了12世紀，有力貴族獲得特定令制國的租税收取權之知行國制度開始實施，知行國的前身為院宮分國制（日语：院宮分國制），即將特定令制國的租税收取權授予院、女院、中宮、齋宮、東宮…等皇族。但11到12世紀間，院宮分國擴大到有力貴族、寺社，藉以攏絡權門，尤其是新興的武家勢力，成為知行國制度，知行國制度可以視為莊園公領制擴大，院廳藉由分配各令制國的租稅權，打壓異己、攏絡親近院廳的權門，使經濟的利益更加集中於權門勢家。
1156年鳥羽上皇駕崩(1107-1123年，1129-1156年行院政)，其後發生繼承紛爭，最初鳥羽天皇依白河法皇之令，讓位給長子崇德天皇(1123-1142年)，崇德天皇的生母為白河法皇的養女，但鳥羽天皇實際上不滿白河法皇，白河法皇駕崩後，鳥羽上皇先後立被白河法皇疏遠的藤原氏女眷藤原泰子與藤原得子為皇后，其後得子生下皇子，1142年鳥羽逼迫崇德讓位給得子年僅2歲的兒子，是為近衛天皇(1142-1155年)，但近衛天皇於1155年早逝，隨後鳥羽與關白藤原忠通扶植後白河天皇(1155-1158年，1158-1192年有間斷地行院政)，隔年鳥羽駕崩，治天之君之位空缺，崇德若不能使其子重仁親王登基，則無法成為上皇實行院政，因此導致1156年的保元之亂。保元之亂最終由後白河天皇勝出，後白河天皇於1158年退位給二條天皇(1158-1165年)，開始後白河院政。
保元之亂的過程中，衝突雙方均借用武家勢力，使武士勢力大幅提升，其中平清盛與源義朝支持後白河天皇。然而亂後源義朝不滿自己的封位比平清盛低，遂趁平氏家族離開平安京參拜神社之機，聯合不滿平清盛的院近臣藤原信賴拘禁後白河上皇和二條天皇。在外的平清盛聞訊，立刻趕回平安京擊敗源義朝，最後源義朝在逃至尾張時被手下殺死。源氏一族只餘下義朝的兒子源賴朝流放伊豆。經此一事，平氏徹底專攬了朝政，開啟平氏政權(1159-1185年)的時代。
平清盛的崛起依賴後白河上皇院政的支持，平氏政權在貴族社會中建立，但具有部分地區的地頭及國守護人(守護的前身)之任命權，有最初的武家政權之性格。平治之亂後，平清盛和後白河上皇之間的關係還延續了一段短暫的蜜月期，同時他的官位也節節高升。當時二條天皇試圖親政，與後白河上皇之間發生衝突，朝廷的公卿亦分為支持二條天皇的親政派和支持後白河上皇的院政派。1161年，憲仁親王出生，二條天皇發現後白河上皇陰謀立憲仁為太子，將院政派的平時忠、平教盛、藤原成親、藤原信隆等人罷官職，並廢止了上皇的院政。1165年，二條天皇傳位給自己的兒子六條天皇(1165-1168年)，不久駕崩。由於六條天皇生母地位不高導致政局不穩定，院政派勢力再次抬頭，原先支持二條天皇親政的平清盛，在其正室平時子的異母妹妹平滋子與後白河上皇生下高倉天皇後，便期望高倉天皇能夠繼承皇位，逐漸向後白河上皇靠攏。在平清盛等人的支持下，後白河上皇趁機冊立憲仁親王為皇太子；並於次年攝政近衛基實去世之後將親政派排擠出朝廷。1168年在後白河上皇的主導下，六條天皇禪位給了憲仁親王，是為高倉天皇(1168-1180年)，後白河上皇重新掌權。
作為貴族政治的傳統，平清盛則將女兒平德子嫁給高倉天皇作為皇后，使自己成為天皇的外戚。平德子產下的皇子成為日後的安德天皇(1180-1185年)。另一個女兒平盛子則嫁給攝關家藤原忠通的兒子藤原基實，並且以此為始，讓許多子女和有權有勢的公家貴族階級聯姻，巧妙地透過政治婚姻的手段擴大自己的勢力。1180年清盛更迫使高倉天皇讓位給平德子產下的皇子--安德天皇，清盛因而成為天皇外祖父，平氏政權達到顛峰，控制全國一半以上地方的地頭及國守護人，[8]平氏一族獨占朝中的重要官職；在全國各地擁有多達五百多座莊園，甚至因為推動宋日貿易而賺取暴利。
然而平氏的支配引起後白河法皇與朝中許多貴族不滿，各地武士、豪族也不滿平氏的貴族化。1177年發生了企圖推翻平家勢力的鹿谷陰謀事件，結果因為多田行綱的告密而被揭發，平清盛利用這個事件剷除，1179年清盛之女平盛子去世。後白河法皇未與平清盛商議就逕自沒收平盛子過世的丈夫藤原基實作為藤氏長者所遺下的所有莊園，由於平氏從盛子的莊園中得到經濟利益，所以法皇此舉等同削弱平氏的財源。接著被平清盛視為繼承人並寄予厚望的嫡長子平重盛英年早逝，法皇卻又一次未與平清盛商量即沒收了平重盛原有的知行國。平清於無法忍受法皇無視自己的作為，同年11月14日，他親率大軍自福原（現在的神戶）上京，隔天（15日）發動治承三年政變（日语：治承三年の政變），將以藤原基房為首的反平氏親貴，約三十九人全數罷官，並任命親平氏的親貴以取代。11月20日，清盛將後白河法皇被幽禁於鳥羽殿，宣告後白河院政再次中斷。
然而此次事件卻造成各地不滿平氏的武士、豪族起兵，平氏的勢力在歷時5年的治承·壽永之亂之後，於1185年敗與源賴朝為首的河内源氏。同年，源賴朝獲得朝廷文治勅許（日语：文治の勅許），得以任命各令制國的守護與莊園、公領的地頭，成熟的武家政權因而成形，自此日本進入了鎌倉時代。